Τον Απρίλιο του 1997 το ΥΠΕΧΩΔΕ κατάρτισε τον « Εθνικό Κατάλογο » των περιοχών που προτείνονται προς ένταξη στο Ευρωπαϊκό Δίκτυο NATURA 2000. Το δίκτυο Natura 2000 αφορά όλες τις χώρες-μέλη της Ευρωπαικής Ένωσης. Το δάσος και η λιμνοθάλασσα των Κουκουναριών έχουν κυρηχθεί Καταφύγιο Άγριας Ζωής, έχουν ήδη ενταχθεί στο κοινοτικό πρόγραμμα ENVIREG και χαρακτηρίστηκαν σαν περιοχή «NATURA 2000», όσο και σαν διατηρητέο Μνημείο της φύσης και λίκνο του πολιτισμού, ανήκοντας στις ζώνες ειδικού ενδιαφέροντος ( SCIs). Το δάσος χαρακτηρίσθηκε αισθητικό (Από το 1977 με το Προεδρικό Διάταγμα 13-6-1977 - Φ.Ε.Κ.248 ΔΙ77 - τα Δάση της Σκιάθου έχουν χαρακτηρισθεί ως Αισθητικά Δάση) καθώς και η ευρύτερη θαλάσσια περιοχή με την χρυσίζουσα άμμο, ως τοπίο ιδιαίτερου φυσικού κάλλους με τουριστικό και φυσιολατρικό ενδιαφέρον. Συν τοις άλλοις στην Σκιάθο περιλαμβάνονται πέντε χαρακτηρισμένοι υδροβιότοποι (των Κουκουναριών, της Αγίας Παρασκευής, του Βρωμόλιμνου, της Λίμνης Αγίου Γεωργίου και της λίμνης στο νησάκι Τσουγκριάς). Όλο το νησί της Σκιάθου χαρακτηρίζεται ως βιότοπος CORINE από τα στοιχεία που αναφέρει η Τράπεζα στοιχείων για την Ελληνική Φύση «ΦΙΛΟΤΗΣ» του Ε.Μ.Π.
Οι Κουκουναριές είναι ένα από τα πιο φημισμένα θέρετρα ολόκληρης της Μεσογείου, καθότι η παραλία της μοιάζει με τροπική του ειρηνικού Ωκεανού και με αξιόλογη ξενοδοχειακή υποδομή και έντονη τουριστική κίνηση τους καλοκαιρινούς μήνες. Διάσημο για το περίφημο πευκοδάσος του που φτάνει έως την εξαιρετικής ομορφιάς μαγευτική του παραλία, με τη χρυσή λεπτή άμμο και τα υπέροχα κρινάκια της , η οποία κατακλύζεται από παραθεριστές που επιδίδονται σε θαλάσσια σπόρ. Eτησίως της δίδεται επάξια η Γαλάζια σημαία. Στο λιμανάκι της περιοχής δένουν βάρκες, αλιευτικά και εκδρομικά σκάφη. Στο ανατολικό άκρο της παραλίας εκβάλλει στη θάλασσα ένα μικρό ποτάμι, οι όχθες του οποίου συνδέονται με ένα γραφικό γεφυράκι. Εκεί τα παιδιά διασκεδάζουν παίζοντας με τις πάπιες και τους κύκνους και ψαρεύουν με ασφάλεια.
Το παράκτιο πευκοδάσος με τις κουκουναριές 14,5 εκτ., βρίσκεται μεταξύ του υγρότοπου και της θάλασσας, σε αμμώδη έκταση με αμμοθίνες και είναι ένα από τα τρία δάση κουκουναριάς που υπάρχουν στον ελληνικό χώρο. Η κουκουναριά (Pinus pinea) με τη χαρακτηριστική κόμη που θυμίζει ομπρέλα, είναι είδος πεύκου αρκετά ευαίσθητο και εξαπλώνεται κυρίως στα δυτικά του δάσους, ενώ προς τα ανατολικά συνυπάρχει με τη χαλέπιο πεύκη (Pinus halepensis), η οποία σταδιακά την αντικαθιστά. Το πευκοδάσος έχει προέλθει μέσω δευτερογενούς διαδοχής, αντικαθιστώντας βλάστηση κυριαρχούμενη από άριες (Quercus ilex).
Το δάσος σήμερα εμφανίζει σημάδια γήρανσης μιας και η σταδιακή αποξήρανση του υγρότοπου δεν επιτρέπουν τη φυσική του ανανέωση. Συνεχίζει όμως η κουκουναριά να προσφέρει τον ίσκιο της στους επισκέπτες της παραλίας. Εκτός από τις κουκουναριές υπάρχουν πολλά πεύκα και διάφοροι σκληρόφυλλοι αειθαλείς θάμνοι που εκτείνονται μέχρι την ακτογραμμή.
Πίσω από το δάσος υπάρχει η λίμνη της Στροφυλιάς που επικοινωνεί με την θάλασσα. Έχει επιφάνεια 950 στρ. προς βορρά και μια θαλάσσια ζώνη που καλύπτει σε έκταση τη μισή περιοχή. Διαθέτει υδρόβια και παρόχθια βλάστηση με καλάμια. Ο υγρότοπος λειτουργεί ως ένα σύνθετο υδρολογικό σύστημα με διαφορετική αλατότητα κατά θέσεις, ανάλογα με τις εισροές που δέχεται από τη θάλασσα και τη βροχή. Η βλάστηση στον υγρότοπο ακολουθεί την αλατότητα. Έτσι, σε γλυκά έως υφάλμυρα νερά αναπτύσσονται κυρίως καλαμιώνες και βλάστηση με αρμυρίκια, ενώ σε πιο αλμυρά νερά εμφανίζονται λιβάδια με βούρλα αλλά και αλόφιλη βλάστηση από μονοετή φυτά, όπως η αλμυρίδα, καθώς και μεγάλη ποικιλία θαλάσσιας πανίδας.
Στα ρέοντα και στάσιμα νερά του υγρότοπου η ιχθυοπανίδα αποτελείται από χέλια, λαβράκια, κέφαλοι και εν γένει ψάρια των γλυκών και αλμυρών νερών.
Το σύνθετο φυσικό περιβάλλον, τα γεωμορφολογικά στοιχεία και ιδιαίτερα ο υγρότοπος αποτελούν σημαντικό σταθμό στη μεταναστευτική πορεία των αποδημητικών πουλιών. Από ορνιθολογικής πλευράς είναι σημαντικός ο υγρότοπος διότι πιστά στο ραντεβού τους με τη φύση, έχουν καταγραφεί κατά καιρούς, κατά την διάρκεια της αποδημίας τους, διάφορα σπάνια είδη πουλιών, μερικά από τα οποία φωλιάζουν μόνιμα και κάποια επισκέπτονται τον βιότοπο μόνο κατά την άνοιξη και το φθινόπωρο. Ερωδιοί, καλαμοκανάδες, νερόκοτες, λευκοτσικνιάδες, αργυροτσικνιάδες με ψηλά πόδια και αρχοντικό βάδισμα, κατάμαυροι κορμοράνοι, φαλαρίδες, πανέμορφα φλαμίνγκο, εντυπωσιακές χαλκόκοτες με πορφυρές και γαλάζιες ανταύγες, πελαργοί, αγριόχηνες με υπέροχο πέταγμα, που μαζί με τις δεκάδες νεροχελώνες και την οργιώδη υγροτοπική βλάστηση προσδίδουν στο τοπίο μια ξεχωριστή ομορφιά και αναδεικνύουν ακόμα περισσότερο τη μεγάλη οικολογική αξία της περιοχής.
Επίσης απαντώνται περίπου 60 είδη πτηνών, 5 είδη θηλαστικών και 7 είδη αμφίβιων ερπετών. Στην περιοχή έχει ρητά απαγορευθεί κάθε είδους δραστηριότητα για τη ομαλή διεξαγωγή επιστημονικών ερευνών των στοιχείων του οικοσυστήματος, επιδιώκοντας την αποτελεσματικότερη προστασία, διατήρηση και διαχείριση της φύσης και του σπάνιου αυτού τύπου τοπίου.